La forma mas facil es crear un indice unico usando el indicador IGNORE:
ALTER IGNORE TABLE `mitabla`
ADD UNIQUE `mitabla_idx1` (`campo1`, `campo2`);
Lo probe en tablas tipo myisam e innodb en MySQL 5.1
Me ayudo mucho este link :
http://blog.openalfa.com/como-eliminar-registros-duplicados-en-una-tabla-mysql
Bye
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